Malmö Museum grundades 1841 och var från början främst ett naturhistoriskt museum. En av initiativtagarna var Lorenz Bager. Han bekostade också det som i början hade namnet Skånska Naturhistoriska Museet. Man saknade fasta lokaler och museet flyttade omkring till olika skolor, bland annat Latinskolan. Malte Eurenius var en annan av eldsjälarna bakom museet och han var museichef 1851-1901. Under den perioden vidgades museets samlingar till att även omfatta kulturhistoria, konst och konsthantverk. Museet var en privat förening fram till 1891. Då övergick museet i Malmö stads ägo.
Den första riktiga museibyggnaden, nu den äldre delen av stadsbiblioteket, invigdes den 12 oktober 1901. I museets lokaler fanns såväl bibliotek som studierum för allmänheten. Tredje våningen reserverades för konst och konsthantverk. Museiledningen glömde snart uppmaningen från invigningstalaren Carl Herslow att vara restriktiva i sitt samlande och redan 1907 var museet för trångt!
Man såg sig om efter andra lokaler och fastnade för Malmöhus slott, som fram till 1914 hade varit fängelse. Slottet restaurerades och runt borggården byggdes nya museibyggnader. Den 18 juni 1937 invigdes det för sin tid mycket moderna museet på sin nuvarande plats. Från maj till september 1945 utrymdes museet för att ge plats åt överlevande ur tyska koncentrationsläger.
1960 öppnades ett Tekniskt museum i en egen byggnad vid Malmöhusvägen och en tillbyggnad med Sjöfartsmuseum var färdigt 1978. 1984 fick man genom en donation det minsta museet, Ebbas hus vid Snapperupsgatan. Samma år bytte man namn till Malmö Museer. Stadsmuseet, Teknik- och Sjöfartmuseet, Naturmuseet, Konstmuseet och Stadsantikvariska avdelningen fick egna chefer under en gemensam museidirektör. 1999 ändrades organisationen igen och nu blev Malmö Konstmuseum och Stadsantikvariska enheten (Malmö Kulturmiljö) egna enheter. Övriga museer integrerades i Malmö Museer, underställt kulturnämnd och Kulturförvaltning. Från den 1 juli 2008 ingår Malmö Kulturmiljö åter i Malmö Museer.
Malmö Museer är tillsammans med Kulturen i Lund och Regionmuseet i Kristianstad regionmuseum för Skåne med ansvar för specifika områden. En successiv förnyelse av museets basutställningar och en ökad tillgänglighet till samlingarna, liksom utvecklingsarbete inom området pedagogik och lärande samt mångkulturfrågor är för närvarande högt prioriterade arbetsuppgifter för museet.
År 2002 fick Malmö Museer utmärkelsen Årets museum för sitt banbrytande arbete med mångkulturella frågor och sin öppenhet för aktuella samhällsfrågor.
