Kalkbrottet lockar till sig en mängd olika fåglar såsom rovfåglar, ugglor, vadare och småfåglar. För många fåglar ser brottet ut som ett fjäll uppifrån vilket gör att särskilt rovfåglar tycker det är en bra plats att övernatta på. Det är också många fåglar som tar vägen över kalkbrottet när de ska förflytta sig mot kontinenten eftersom de kan dra nytta av termiken (dvs. de varma luftströmmarna) över brottet.

Den bruna kärrhöken är en rovfågel som trivs och häckar i den höga vassen i kalkbrottet. Även strömstaren lever vid vatten och kan både simma och dyka. Tillsammans med kungsfiskare är strömstaren en återkommande gäst på vintern. Malmös kommunfågel, svart rödstjärt, håller till vid den gamla fabriken och häckar sannolikt i anslutning till denna. Andra häckande fåglar är pilgrimsfalk, korp, gravand, skäggmes, strandpipare, grå häger och backsvala. En bergsuvs hane bodde i kalkbrottet under cirka 12 år fram till årsskiftet 2020/2021. Under de första åren hade han sällskap av en berguvs hona.

Rådjur, hare, räv och grävling är exempel på däggdjur som lever i kalkbrottet. Även olika arter av fladdermöss har påträffats.

För att kartlägga insekter och småkryp har det gjorts ett antal stora inventeringar. Bara när det gäller skalbaggar har hela 450 olika arter påträffats, varav flera mycket ovanliga. Även olika typer av trollsländor förekommer där den mest sällsynta är kustflicksländan, men som inte är det minsta sällsynt i just kalkbrottet. Vissa år finns den i tusental.

Den rödlistade grönfläckiga paddan, Bufotes viridis, är en annan sällsynthet. Paddan känns igen på sina karakteristiska fläckar med svarta prickar och trivs i vattendragen i kalkbrottet. Tillsammans med två andra platser i Sverige, finns här en betydande och reproducerande population.

Svartvide är en typisk art för kalkbrottet och växer frodigt i den östra delen av brottet. Som många andra växter här är den dock ovanlig utanför brottet. Likaså är kalkrassingen en sällsynt örtväxt som älskar kalkrik och blottad jord. Limhamns kalkbrott är faktiskt den enda plats på fastlandet där kalkrassing lever varpå arten har bidragit till att brottet har en mycket hög naturskyddsstatus. Även växter som klotullört, johannesört, småtörel, strimfibbla, kalkbräken och skogsklematis går att hitta nere i brottet.

Kalken i Limhamns kalkbrott bildades för 65-62 miljoner år sedan, under tidsåldern paleogen. Platsen var då ett tempererat hav och klimatet var varmare och mer likt Medelhavet. Det tog hela tre miljoner år för kalken att bildas.

Kalken består av avlagringar från alger, snäckor, mossdjur, krabbor, sjöborrar och koraller. Ju hårdare skal, ju bättre har det blivit bevarat som fossiler. I vissa kalklager finns det gott om hajtänder, från flera olika släktingar till vithajen som då levde i havet. En annan intressant upptäckt gjordes i slutet på 1800-talet när ett arbetslag grävde fram en skalle från en krokodil. Krokodilarten döptes till Thoracosaurus scanicus och lär ha varit 4,5 meter lång.

Eftersom kalkbrottet ligger långt under havsnivå, måste grundvatten pumpas bort från platsen för att den inte ska fyllas upp och bli till en djup sjö. Detta görs kontinuerligt via inbyggda pumpar som tar vattnet via Hammars bäck och vidare ut till Öresund. 70 liter per sekund pumpas bort.

Under andra världskriget anlades två vattendammar för att ha som vattenreserv till staden. Dessa är fortfarande fyllda med vatten och runt omkring dem växer björk och sälg. I den södra av dessa dammar lever över 70 år gamla ålar som släpptes i för att rena vattnet. Även abborre och spigg har planterats in.