Genom 1862 års kommunalförordning togs första steget mot en mer enhetlig och demokratisk styrning av landskommuner och städer. Stadens äldste, som valdes av stadens köpmän och hantverkare på allmän rådstuga, ersattes av stadsfullmäktige, som valdes av alla med beskattningsbar inkomst. Även kvinnor med egen skattsedel kunde få rösträtt. Drätselkammaren inrättades och fungerade som stadens beredande och verkställande organ. 

Sedan tidigare fanns redan en hamndirektion (1774), en fattigförsörjningsdirektion (1806), en kommunal skjutsinrättning (1813), en skolstyrelse (1844) och en sundhetsnämnd (1850). De flesta ärenden behandlades i drätselkammaren innan de avgjordes av stadsfullmäktige. Under 1800-talets andra hälft inrättades sjukhusstyrelsen (1860) och hälsovårdsnämnden (1875).

Under 1900-talet utvecklades den kommunala verksamheten. Drätselkontoret delades upp i olika avdelningar som kom att bilda egna nämnder. 1955 bildades gatunämnden respektive fastighetsnämnden med sina förvaltningsorgan gatukontoret och fastighetskontoret. En byggnadsnämnd tillsattes redan vid inrättandet av drätselkammaren.

Framväxten av en offentlig omsorg under 1900-talets början gav upphov till nya sociala nämnder och styrelser som 1957 ersattes av en gemensam socialnämnd. Under 1900-talets sista decennier bildades en rad kommunala bolag inom områdena medborgarservice, lokaltrafik och kultur.

Stadsarkivet förvarar också en rad till Malmö inkorporerade kommuners arkiv. När skillnaden i mellan landskommuner och städer försvann och en enhetlig kommuntyp infördes 1971, upphörde drätselkammaren som ersattes av kommunstyrelse. Stadsfullmäktige bytte då namn till kommunfullmäktige.

Efter en försöksverksamhet med lokala nämnder i bland annat Fosie och Oxie under 1990-talets början, beslutade kommunfullmäktige 1995 om att införa stadsdelsfullmäktige och stadsdelsförvaltningar. Avsikten var att skapa större närhet mellan politiker och medborgare.

Malmö kommun delades in i 10 geografiska områden. Inom varje stadsdel skulle ett allsidigt serviceutbud erbjudas. Till stadsdelsfullmäktiges ansvarsområden hörde främst socialtjänst, äldreomsorg, barnomsorg och grundskola men också lokal kultur- och fritidsverksamhet. De tio stadsdelsnämnderna fanns mellan januari 1996 och juni 2013.

Från juli 2013 till april 2017 fanns fem stadsdelsområden som främst ansvarade för socialtjänst och äldrevård. Ansvaret för skol- och förskolefrågor lades på nya skolförvaltningar. I maj 2017 inrättades de nya fackförvaltningarna som finns i Malmö stad idag.

Malmö Stadsarkiv förvarar arkiv från flera av dessa verksamhetsområden.

• Anordningar för gymmnastik och idrott
  
• Borgerskapet i Malmö
  
• Bulltofta-Sturup flygplats
  
• Byggnadskontoret i Malmö
  
• Byggnadsnämnden i Malmö
  
• Centrala miljönämnden i Malmö
  
• Chefen för gasskyddstjänsten
  
• Chefen för röjningstjänsten
  
• Civilförsvarsnämnden i Malmö
  
• Drätselkammaren i Malmö
  
• Drätselkontoret/stadskontoret
  
• Fastighetskontoret i Malmö
  
• Folk- och bostadsräkningen 1945
  
• Gasverket i Malmö
  
• Gatukontoret i Malmö
  
• Hamndirektionen i Malmö
  
• Handels- och sjöfartsnämnden i Malmö
  
• Holmgren-Löwegrenska fonden
  
• Hästuttagningsnämnden i Malmö
  
• Inkvarteringsverket i Malmö
  
• Justeraren i Malmö
  
• Kommunfullmäktige i Malmö
  
• Kommunfullmäktiges i Malmö romanpristävling 1992
  
• Kommunstyrelsen i Malmö
  
• Kommunstyrelsen i Malmö
  
• Arvodeskommittén av år 1975
  
• Kommunstyrelsens miljöutskott i Malmö
  
• Komunfullmäktiges i Malmö kommittéer
  
• Konserthuskommittéen av år 1973
  
• Kontrollanten för undersökning av eldfarliga oljor i Malmö
  
• Kronprinsens husarregementes stabsrulla
  
• Kultustödsnämnden i Malmö
  
• Luftskyddnämnden i Malmö
  
• Luftskyddschefen i Malmö
  
• Malmö auktionskammare
  
• Malmö badförvaltning
  
• Malmö frihamns AB
  
• Malmö Konsthall
  
• Malmö lokaltrafik
  
• Malmö Museums arkiv
  
• Malmö Museums samling
  
• Malmö renhållningsverk
  
• Malmö stads avlöningsnämnd
  
• Malmö stads besvärsnämnd
  
• Malmö stads brandkår
  
• Malmö stads egnahemsnämnd
  
• Malmö stads fastighetsnämnd
  
• Malmö stads gatunämnd
  
• Malmö stads hyresnämnd (äldre)
  
• Malmö stads hyresnämnder (yngre)
  
• Malmö stads idrottsnämnd
  
• Malmö stads kristidsnämnd
  
• Malmö stads kristidsnämnds vedavdelning
  
• Malmö stads kulturstipendienämnd
  
• Malmö stads kulturstödsnämnd
  
• Malmö stads lönenämnd (yngre)
  
• Malmö stads lönenämnd (äldre)
  
• Malmö stads studiestipendienämnd
  
• Malmö stadsbibliotek
  
• Malmö stadskansli
  
• Malmö ungdomsstyrelse
  
• Malmö-Burlöv samarbetskommitté
  
• Nämnden för övervakande av fattigsakföraren
  
• Personalnämnden i Malmö
  
• Företagshälsovården
  
• Renhållningsverket i Limhamn
  
• Rörsjöbadets handlingar
  
• Saluhallsstyrelsen i Malmö
  
• Samarbetsnämnden för Malmö kommunblock
  
• Skjutsinrättningen i Malmö
  
• Skånska städernas tjänstemäns pensionskassa
  
• Slakthusförvaltningen i Malmö
  
• Stadsfullmäktige i Malmö
  
• Stadsfullmäktige i Malmö kommittéer
  
• Stadsfullmäktige i Malmö
  
• Generalplanekommittén
  
• Stadsrevisionen i Malmö
  
• Stadsvågen i Malmö
  
• Svenska kontrollanstalten för mejeriprodukter och ägg
  
• Sydvästra Skånes kommunalförbund
  
• Valnämnden i Malmö
  
• Vattenledningsverket i Malmö
  
• Vattenverket i Malmö
  
• Öresundsbron
  
• Öresundsrådet