Första evengeliska predikningen 1527
Tillbaka i Malmö höll Claus Mortensen i ett kapell utanför staden — vid nuvarande Pildammarna — den 29 maj 1527 vad som troligen var den första evangeliska predikan i vad som senare skulle bli Sverige. Mortensens predikningar, på danska och inte på latin, samlade stora åhörarskaror. Efter ett kungligt beslut, troligen på inrådan av Malmös borgmästare Jörgen Kock, fick Claus Mortensen rätt att använda franciskanernas klosterkyrka vid Västergatan för sina predikningar. Efter ytterligare ett kungligt beslut 1528 kunde Malmös råd ta över klostren och dess stora tillgångar i staden.
Efter ett ingripande av den katolske ärkebiskopen i Lund tvingades Claus Mortensen lämna Malmö 1528 medan Peder Laurentsen och Frands Vormodsen däremot inkallades från Köpenhamn för att fortsätta reformarbetet. Året därpå var emellertid Claus Mortensen tillbaka och tillträdde nu tjänsten som kyrkoherde i St. Petri. Härmed får reformationen anses vara genomförd i Malmö. Frands Vormodsen skulle senare bli den förste lutherske biskopen i Lund sedan ärkebiskopsämbetet avskaffats 1536.
En följd av reformationen var att det på 1520-talet uppstod flera boktryckerier i Malmö. Staden låg på behändigt avstånd från kungen i Köpenhamn och ärkebiskopen i Lund. Inte för långt borta, inte för nära. Tidigast var Oluf Ulricksøn, som startade sitt tryckeri 1528. Den första i Malmö tryckta boken, en psalmbok utgiven 1528 av Claus Mortensen, finns dock inte bevarad.
Det äldsta Malmötryck som finns bevarat är en gudstjänstordning, troligen från 1528, av Claus Mortensen. Den finns i ett exemplar på Det Kongelige Bibliotek i Köpenhamn.
Den så kallade Malmø-bogen skrevs av Peder Laurentsen och är en redogörelse och ett försvar för reformationen i Malmö. Dess fulla namn är: "Orsagen oc een rett forclaring paa then ny Reformats, ordinering oc skick om messen, predicken oc anden rett Gudts tienneste oc christelig dyrckelse som begyndt och gjort er vdi then Christelige Stadt Malmø Anno Domini MDxxix", men kallas vanligtvis för Malmø-bogen.
Boken trycktes 1529 av boktryckaren Oluf Ulricksøn i Malmö. Malmø-bogen finns bevarad i ett exemplar, vilket finns på Lunds universitetsbibliotek.
Prästerna fick gifta sig
Reformationen innebar bland annat att prästerna nu fick gifta sig, en tillåtelse som reformatorerna tog väl vara på. Peder Laurentsen äktade Claus Mortensens syster Anne, men reformatorn själv gifte sig inte mindre än fyra gånger. Han blev på 1540-talet avsatt från sin tjänst i St. Petri och avslutade sitt liv som präst i Husie. Claus Mortensen dog 1575 och ligger begravd i St. Petri kyrka i Malmö. Utanför kyrkan finns en minnessten över honom.
