Johanneskyrkan är en sevärdhet bland annat för att den är en av få kyrkor i landet som är utförd i jugendstil. Annars var den nygotiska stilen vanlig vid tiden runt sekelskiftet 1900. I Malmös omgivningar finns flera nygotiska kyrkor, till exempel kyrkorna i Bunkeflo (1898) och Limhamn (1890). En annan känd jugendkyrka från samma tid är Engelbrektskyrkan i Stockholm, invigd 1914. Jugend karaktäriseras av mjuka och rundade former med inslag av växtornamentik. I Johanneskyrkans fall är det rosen som fått en framträdande roll. Huggna i sten och snidade i trä, inuti kyrkan såväl som utanför återfinner man rosor i en sådan mängd att kyrkan har fått tillnamnet Rosornas kyrka. Förutom att vara dekorativa är rosorna också en gammal kristussymbol, en bild som återkommer i den gamla psalmen "Det är en ros utsprungen". I triumfbågen framme vid högaltaret syns tre reformatorer avbildade, Den store reformatorn Martin Luther, Olaus Petri, Sveriges reformator och Claus Mortensen, Malmös reformator. Altartavlan är en relief i ekträ som föreställer Jesus och barnen. Konstnären hette Harald Sörensen — Ringi (1872 — 1912) och den invigdes allhelgonadagen 1909.
 
Under 2007 firade församlingen sitt hundraårsjubileum Den 20 maj firade man då för första gången församlingens egenkomponerade "Johannesmässa". Mässan var helt nyskriven med musik av kantor AnnaKajsa Svärd och texter som delvis vuxit fram i församlingen. Kyrkokaplan Katarina Vaarning sammanställde texter och böner. Under senare år har kyrkan också blivit känd som nattkyrka då man varannan fredag håller öppet från nio på kvällen till ungefär ett på natten med musikprogram och nattmässa.

• Kruse, Waldemar, S:t Johannes kyrka. Några ord om kyrkbyggnaden, dess stil och inredning. 1951.
  
• Kyrkor i Malmö. 1989.
  
• S:t Johannes kyrka & församling 1907-2007. 2007.